为评估中央财政转移支付资金对国家重点生态功能区县域生态环境改善及保护效果,环境保护部、财政部于2009年启动了国家重点生态功能区县域生态环境质量考核工作,以生态环境质量监测、定量化评价作为衡量转移支付资金使用效果的依据,制定印发了《国家重点生态功能区县域生态环境质量考核办法》,并于2011年对全国所有重点生态功能区县域开展生态环境质量考核,该项工作每年开展一次。自考核工作开展以来,国家重点生态功能区县域数量逐年增加,截止到2016年,已由最初的451个增加至556个,占国家重点生态功能区总面积的68.41%,同时,国家重点生态功能区县域转移支付资金也逐年增加,已由219亿元增加到599亿元。